1990 йылда республиканың Дәүләт суверенитеты тураһында декларация ҡабул ителә һәм уның рәсми атрибуттары – Дәүләт флагы, гербы, гимны булдырыла. 1992 йылдың 25 февралендә, Башҡорт АССР-ы Юғары Советы республиканың исемен үҙгәртеү тураһындағы закон ҡабул итә, уға ярашлы, Башҡортостан Республикаһы тип үҙгәртелә, республика дәүләтселегенең рәсми символдарының береһе — яңы флаг раҫлана. Башҡортостандың Дәүләт гербы һәм Дәүләт гимны һуңыраҡ, 1993 йылдың 12 октябрендә ҡабул ителә.
Рәссамдар араһында конкурс иғлан ителә, комиссия Урал Мәсәлимов менән Ольга Асабина эшләгән флаг вариантына өҫтөнлөк бирә. Башҡортостандың флагы йәшел, аҡ һәм күк төҫтәрҙән (аҫтан өҫкә) тора. Йәшел төҫ — азатлыҡты, тормоштоң мәңгелек булыуын; аҡ төҫ — тыныслыҡты, республика халыҡтарының үҙ-ара хеҙмәттәшлеккә әҙерлеген; күк төҫ уларҙың уй-ниәттәренең изге булыуын, сафлыҡты аңлата. Флагтың аҡ төҫөнөң уртаһында ете таждан торған стилләштерелгән ҡурай сәскәһен үҙ эсенә алған түңәрәк төшөрөлгән. Ҡурай сәскәһе — дуҫлыҡ билдәһе, уның ете тажы Башҡортостан халыҡтарының берләшеүенә башланғыс һалған ете ырыуға ишара.